Marek Toporowski harmonijnie łączy w swojej działalności różne, często pozornie odległe obszary muzyki.  Jest cenionym solistą – klawesynistą i organistą, kameralistą i dyrygentem. Koncertuje również na klawikordzie i historycznych fortepianach.

Studia ukończył w Akademii Muzycznej w Warszawie (organy – Józef Serafin, klawesyn – Leszek Kędracki). Następnie doskonalił swe umiejętności we Francji (Strasbourg), Niemczech (Saarbrücken), i Holandii (Amsterdam) pracując pod kierunkiem Aline Zylberajch i Boba van Asperena (klawesyn) oraz Daniela Rotha (organy). Otrzymał Pierwsze Nagrody  Konserwatorium w Strasbourgu w dziedzinie organów i klawesynu oraz Dyplom Koncertowy Musikhochschule des Saarlandes (organy). Wiele zawdzięcza również kontaktowi ze znakomitym pianistą – Kajetanem Mochtakiem. Jest laureatem I nagrody I Ogólnopolskiego Konkursu Klawesynowego im. Wandy Landowskiej w Krakowie (1985). W roku 1991 utworzył specjalizujący się w historycznym wykonawstwie zespół Concerto Polacco. Zainicjował w Warszawie regularny cykl koncertów muzyki oratoryjnej wykonywanej zgodnie z historyczną praktyką wykonawczą. Wiele utworów muzyki staropolskiej zostało po raz pierwszy wykonanych bądź nagranych pod jego batutą (opera „Agatka” J.D.Hollanda, oratorium „Christiani poenitentes ad sepulchrum Domini” J.T.Żebrowskiego , utwory Wronowicza, Cichoszewskiego i in.). Czterokrotnie otrzymywał Nagrodę Fryderyka, a wiele innych płyt otrzymywało nominacje do tej nagrody. Jest twórcą „Śląskiego Centrum Ochrony Instrumentów Klawiszowych – FORTEPIANARIUM”. Przez okres 20 lat współorganizował letni Kurs Interpretacji Muzyki Organowej w Koszalinie. Koncertuje w Polsce i za granicą, dokonał kilkudziesięciu nagrań płytowych w Polsce, Niemczech i we Francji. Jako profesor prowadzi klasę klawesynu w Akademii Muzycznej w Katowicach. Uczy również gry organowej i klawikordowej w ZPSM im. Chopina w Warszawie.